- Docente: Fabrizio Ferrè
- Crediti formativi: 6
- SSD: BIO/11
- Lingua di insegnamento: Italiano
- Modalità didattica: Convenzionale - Lezioni in presenza
- Campus: Bologna
- Corso: Laurea in Biotecnologie (cod. 8005)
Conoscenze e abilità da conseguire
Al termine del corso, lo studente possiede ulteriori conoscenze di base della genomica, delle nuove tecnologie di sequenziamento degli acidi nucleici, della loro analisi e interpretazione funzionale e regolativa. In particolare, lo studente conosce i metodi e gli strumenti per utilizzare dati genomici di singoli pazienti per selezionare strategie terapeutiche e farmacologiche appropriate.
Contenuti
Analisi dei genomi. Tecnologie di sequenziamento parallelo degli acidi nucleici. Principali piattaforme di sequenziamento, tecnologie recenti e piattaforme per la diagnosi. Applicazioni di queste tecnologie al sequenziamento e ricostruzione del genoma, all'identificazione della variabilità genotipica fra individui e popolazioni, al sequenziamento e analisi del trascrittoma, per la mappatura delle interazioni fra proteine e DNA genomico, per la mappatura di modificazioni epigenetiche (es. metilazione delle citosine), per l'identificazione di interazioni regolative a lunga distanza fra elementi genomici.
Applicazioni: diagnosi molecolari, associazione fra genotipo e diagnosi e prognosi, strategie per personalizzare l'intervento terapeutico in funzione di caratteristiche genomiche del paziente.
Modulo di Laboratorio: il programma del laboratorio prevede l'esecuzione di esercizi al PC sul genome browser di UCSC, in termini di accesso ai dati ed analisi degli stessi, e sul web-server Galaxy per analisi di dati di sequenziamento.
Testi/Bibliografia
Articoli e rassegne assegnate a lezione dal docente.
Metodi didattici
Lezioni ed esercitazioni al PC. Utilizzo del UCSC genome browser e di Galaxy per acesso e analisi di dati genomici. Lettura, presentazione e discussione da parte degli studenti di articoli forniti dal docente
Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento
L'esame verificherà che lo studente abbia conoscenze avanzate sulla struttura dei genomi, sulle metodiche di analisi genomica e sulle loro applicazioni alla medicina e farmacologia. Inoltre, l'esame verificherà che lo studente conosca il UCSC genome browser e Galaxy.
L'esame consiste in una procedura di analisi di dati genomici che sono forniti allo studente al termine delle esercitazioni, e in una relazione che descriva i passaggi impiegati, le loro motivazioni e i risultati ottenuti
Strumenti a supporto della didattica
PC, Internet, videoproiezioni e lavagna. Laboratorio di bioinformatica presso il plesso didattico "Navile" delle Biotecnologie.
Orario di ricevimento
Consulta il sito web di Fabrizio Ferrè