B5791 - MOLECULAR PHYLOGENETICS

Conoscenze e abilità da conseguire

At the end of the course the student, starting from the knowledge of the mechanisms of molecular evolution, will be trained in the study of phylogenetic inference and will be able to reconstruct phylogenetic trees based on several molecular markers, applying the State-of-the-Art bioinformatic tools in the field. In particular the student will acquire the basics of phylogenomics and will analyze case studies in phylogenetics and phylogenomics.

Contenuti

• inferenza di ortologia e scelta dei taxa
• allineamento e filtraggio delle sequenze
• interpretazione e confronto degli alberi filogenetici
• algoritmi di inferenza basati sulle distanze o sui caratteri
• modelli MK di evoluzione molecolare
• maximum likelihood
• bayesian inference
• mixture models
• supporto statistico nelle filogenesi
• inferenze basate sulla concatenazione versus sulla coalescenza
• correzione e riconciliazione di gene-trees sullo species-tree
• bias stocastici e sistematici
• analisi dei tempi di divergenza
• modellazione dell'evoluzione dei tratti continui su filogenesi
• modellazione dell'evoluzione dei tratti discreti su filogenesii
• nferenze di selezione mediante codon models
• implementazione della filogenesi in pipeline di bioinformatica

Testi/Bibliografia

Insieme ai paper che discuteremo durante il corso, sono altamente consigliati questi libri gratuiti:

 

• Phylogenetic Comparative Methods: Learning From Trees di Luke Harmon
• Phylogenetic Biology di Casey W. Dunn

Metodi didattici

Ogni lezione sarà composta da una spiegazione teorica seguita da esercitazioni pratiche.

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

Test scritto, seguito da un esame orale.

Strumenti a supporto della didattica

Saranno rese disponibi:

• le slides utilizzate durante le lezioni frontali su virtuale
• i materiali per le esercitazioni pratiche su GitHub 

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Giobbe Forni