93985 - INNOVATIVE APPROACH FOR RISK ASSESSMENT IN MICROBIOME FOOD VALUE CHAIN

Conoscenze e abilità da conseguire

The successful student will know: (i) main goals of a metagenome study; (ii) techniques and technologies for the metagenomes assessment; (iii) role of microbiomes in food systems, food production and connections with food quality and the risk assessment.

Contenuti

1. Introduzione generale allo studio dei microbiomi: microbiomi e metagenomi (definizioni, importanza e applicazioni), principali aspetti tecnici della valutazione mediante sequenziamento di nuova generazione

2. Sequenziamento di nuova generazione: sequenziamento dell’amplicone del gene 16S rRNA, metagenomica shotgun e altre tecniche omiche, fasi operative (campionamento, estrazione del DNA da diverse matrici (ad es. suolo, aria, acqua e campioni biologici), preparazione delle librerie, sequenziamento)

3. Analisi bioinformatica e biostatistica: demultiplexing, filtraggio di qualità, binning in OTUs/ASVs, diversità alfa e beta, read mapping, ricostruzione dei contig, assegnazione tassonomica/funzionale (Greengenes/SILVA, KEGG, etc.), statistica multivariata e network microbici

4. Microbiomi nei sistemi alimentari: microbiomi degli attori del sistema alimentare, circolazione dei microbiomi nei sistemi alimentari e significato per la qualità e la sicurezza degli alimenti, microbiomi e valutazione del rischio negli alimenti e nella produzione alimentare, modulazione dei microbiomi dei sistemi alimentari per un’alimentazione migliore

Testi/Bibliografia

Appunti e pubblicazioni scientifiche

Metodi didattici

Lezioni frontali supportate da slide

Modalità di verifica e valutazione dell'apprendimento

Le conoscenze teoriche saranno verificate mediante esame orale

Strumenti a supporto della didattica

PC, videoproiettore

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Silvia Turroni